（一）辦公室（行政審批科、政策法規(guī)科）。協(xié)助局領導組織機關日常工作，負責信息宣傳、政務公開、安全保密、信訪輿情、建議提案、目標考核、水文化、雙擁、檔案、史志年鑒、后勤保障及重大活動、會議的組織工作；負責機關內部規(guī)章制度建設。督促檢查水利重大政策、決策部署和重要工作的貫徹落實，負責領導批示、重要事項、政風行風等督查督辦。負責規(guī)范性文件的合法性審查、備案并監(jiān)督實施；組織開展有關水利改革與發(fā)展的政策研究；指導法治水利建設和依法行政工作；指導行政執(zhí)法工作；承辦局行政復議、行政訴訟和行政賠償工作；指導水利系統(tǒng)法治宣傳教育、普法宣傳工作；負責行政審批工作，并限時辦結。
負責機關并指導局屬單位的干部人事、機構編制、隊伍建設、勞動工資、教育培訓、機關績效管理等工作。指導全縣水利行業(yè)人才工作、職工隊伍建設和精神文明建設。指導水務行業(yè)專業(yè)技術職稱評聘工作；負責機關并指導局屬單位退休干部工作。指導機關和直屬單位黨的建設工作。
（二）基本建設科（監(jiān)督安全科）。指導全縣水利基本建設管理工作，負責縣重點水利工程建設項目法人及招投標活動的監(jiān)督管理；指導全縣水利工程建設；負責縣重點水利工程建設的驗收；指導水利建設市場的監(jiān)督管理和水利建設市場信用體系建設；組織實施水利工程質量和安全監(jiān)督；承擔水利行業(yè)安全生產(chǎn)監(jiān)督管理工作；組織或參與制定水利行業(yè)安全管理規(guī)程規(guī)范；指導水利重點建設項目的安全監(jiān)管；組織重大水利安全生產(chǎn)事故的調查處理。
組織擬訂全縣水利發(fā)展規(guī)劃，牽頭編制水利綜合規(guī)劃、專業(yè)規(guī)劃、專項規(guī)劃并監(jiān)督實施，參與縣際、鄉(xiāng)鎮(zhèn)（街道）際邊界水利規(guī)劃協(xié)調。組織指導有關防洪論證工作；負責水工程建設規(guī)劃同意書制度的實施；負責全縣水利投資計劃的綜合平衡；擬訂縣級水利固定資產(chǎn)投資計劃；編制、初步審查重點水利工程項目建議書、可行性研究報告和初步設計。組織實施縣水利建設投資計劃，扎口水利統(tǒng)計工作。負責協(xié)調落實南水北調后續(xù)工程建設的有關政策措施。
（三）農(nóng)村水利與水土保持科。組織開展大中型灌排工程建設與改造；指導農(nóng)村飲水安全、鄉(xiāng)鎮(zhèn)供排水、農(nóng)村河道疏浚整治等工程建設管理工作，指導節(jié)水灌溉有關工作；指導農(nóng)村水利社會化服務體系建設；指導全縣水土流失綜合防治工作，組織編制水土保持規(guī)劃并監(jiān)督實施，負責水土流失監(jiān)測及預報、公告；組織編制水利科技、水利信息化發(fā)展規(guī)劃；負責水利科技項目和科技成果管理工作，組織重大水利科學技術研究、技術引進和技術推廣；指導水利科技和水利信息化工作；負責水利行業(yè)對外合作與交流工作。
（四）生態(tài)河湖與水資源管理科（工程運行管理科）。指導全縣水利工程設施、水域及岸線的管理、保護和綜合利用；指導區(qū)域骨干河道、湖泊的開發(fā)、治理和保護；組織、指導河湖與水利工程管理范圍劃定工作；監(jiān)督跨區(qū)域調水工程；指導泵站、堤防、水閘、水電站等水利工程的運行和確權劃界；按規(guī)定指導水能資源開發(fā)工作。組織、指導維修、養(yǎng)護、除險加固、水毀修復等項目實施；指導退圩還湖工作；指導河湖水生態(tài)保護與修復以及河湖水系連通工作；會同相關部門指導全縣河湖保護規(guī)劃編制工作；指導河湖采砂規(guī)劃和計劃的編制并監(jiān)督實施；組織、指導河湖搬遷群眾后期扶持等移民工作。
承擔縣河長制工作辦公室的日常工作；組織擬定推行河湖長制工作制度，編制工作計劃和考核目標；向縣級河湖長提出工作建議，督促、協(xié)助副河長單位落實縣級河湖長確定的事項；對河湖長制工作落實情況進行檢查、督察、考核；協(xié)調督導河湖長制工作重點事項和問題；組織擬定推行河湖長制有關法規(guī)、政策、制度。
負責編制水資源保護規(guī)劃，指導飲用水水源保護有關工作，按規(guī)定核準飲用水源地設置，指導縣級水源地的管理；承擔實施最嚴格水資源管理制度相關工作，指導開展水資源有償使用工作；組織水資源承載能力監(jiān)測預警工作；指導水量分配工作并監(jiān)督實施，指導河湖生態(tài)流量水量管理；負責地下水開發(fā)利用和地下水資源管理和保護，組織指導地下水超采區(qū)綜合治理；參與編制水功能區(qū)劃；擬定節(jié)約用水政策，組織編制與協(xié)調實施節(jié)約用水規(guī)劃；組織指導計劃用水、節(jié)約用水工作；組織實施用水總量、用水效率控制和定額管理制度；指導和推動全縣節(jié)水型社會建設工作；會同相關部門指導農(nóng)業(yè)節(jié)水工作；指導城市污水處理回用等非常規(guī)水源開發(fā)利用工作。
組織協(xié)調水旱災害應急救援工作，協(xié)調指導重要江河湖泊、重要水工程實施防御洪水抗御旱災調度和應急水量調度工作；組織協(xié)調臺風防御工作；指導協(xié)調水旱災害防治工作。負責縣防汛防旱指揮部辦公室日常工作。
（五）財務審計科。指導全縣水利系統(tǒng)財務會計和內部審計工作。負責編制縣級水利部門預算并監(jiān)督執(zhí)行；負責縣級水利資金的使用及監(jiān)督管理；指導水利行業(yè)國有資產(chǎn)的監(jiān)督管理工作；指導涉水規(guī)費的征收及監(jiān)管工作。提出有關水利價格、收費、信貸的建議。負責局屬單位財務管理、內部審計和領導干部的任期經(jīng)濟責任審計工作。